綠色食品生產過程控制是綠色食品質量控制的關鍵環節，綠色食品生產過程標準是綠色食品標準體系的核心。綠色食品生產過程標準包括兩部分：生產資料使用準則和生產操作規程。

　   1、生產資料使用準則

　　生產資料使用準則是對生產綠色食品過程中物質投入的一個原則性的規定，它包括農藥、肥料、獸藥、水產養殖用藥、食品添加劑和飼料添加劑的使用準則。

　　 ⑴、生產綠色食品農藥使用準則

　　綠色食品生產應從作物－病蟲草等整個生態系統出發，綜合運用各種防治措施，創造不利于病蟲草害孳生和有利于各類天敵繁衍的環境條件，保持農業生態系統的平衡和生物多樣化，減少各類病蟲草害所造成的損失。

   準則中的農藥被禁止使用的原因有如下幾種：

   ①高毒、劇毒，使用不安全；
   ②高殘留，高生物富集性；
   ③各種慢性毒性作用，如遲發性神經毒性；
   ④二次中毒或二次藥害，如氟乙酰胺的二次中毒現象；
   ⑤三致作用，致畸、致癌、致突變；
   ⑥含特殊雜質，如三氯殺螨醇中含有DDT；
   ⑦代謝產物有特殊作用，如代森類代謝產物為致癌物ETU(乙撐硫脲)；
   ⑧對植物不安全、藥害；
   ⑨對環境、非靶標生物有害。

   對允許限量使用的農藥除嚴格規定品種外，對使用量和使用時間作了詳細的規定。對安全間隔期(種植業中最后一次用藥距收獲的時間，在養殖業中最后一次用藥距屠宰、捕撈的時間稱休藥期。)也作了明確的規定。為避免同種農藥在作物體內的累積和害蟲的抗藥性，準則中還規定在Ａ級綠色食品生產過程中，每種允許使用的有機合成農藥在一種作物的生產期內只允許使用一次，確保環境和食品不受污染。

   ⑵、生產綠色食品的肥料使用準則

   綠色食品生產使用的肥料必須是：一是保護和促進使用對象的生長及其品質的提高；二是不造成使用對象產生和積累有害物質，不影響人體健康；三是對生態環境無不良影響。規定農家肥是綠色食品的主要養分來源。

   準則中規定生產綠色食品允許使用的肥料有七大類26種在AA級綠色食品生產中除可使用Cu、Fe、Mn、Zn、B、Mo等微量元素及硫酸鉀、鍛燒磷酸鹽外，不使用其它化學合成肥料，完全和國際接軌。A級綠色食品生產中則允許限量地使用部分化學合成肥料(但仍禁止使用硝態氮肥)，以對環境和作物(營養、味道、品質、和植物抗性)不產生不良后果的方法使用。

   ⑶、生產綠色食品的其它生產資料及使用原則
   生產綠色食品的其它主要生產資料還有獸藥、水產養殖用藥、食品添加劑、飼料添加劑等，它們的正確合理使用與否，直接影響到綠色食品畜禽產品、水產品、加工品的質量。如獸藥殘留影響到人們身體健康，甚至危及生命安全。為此中國綠色食品發展中心制訂了《生產綠色食品的獸藥使用準則》、《生產綠色食品的水產養殖用藥使用準則》、《生產綠色食品的食品添加劑使用準則》、《生產綠色食品的飼料添加劑使用準則》，對這些生產資料的允許使用品種、使用劑量、最高殘留量和最后一次休藥期天數作出了詳細的規定，確保綠色食品的質量。

   2、綠色食品生產操作規程

   綠色食品生產操作規程是綠色食品生產資料使用準則在一個物種上的細化和落實。包括農產品種植、畜禽養殖、水產養殖和食品加工等四個方面。

   ⑴、種植業生產操作規程

   種植業的生產操作規程系指農作物的整地播種、施肥、澆水、噴藥及收獲等五個環節中必須遵守的規定。其主要內容是：

   ①植保方面，農藥的使用在種類、劑量、時間和殘留量方面都必須符合《生產綠色食品的農藥使用準則》；

   ②作物栽培方面，肥料的使用必須符合《生產綠色食品的肥料使用準則》，有機肥的施用量必須達到保持或增加土壤有機質含量的程度；

   ③品種選育方面，選育盡可能適應當地土壤和氣候條件，并對病蟲草害有較強的抵抗力的高品質優良品種；

   ④在耕作制度方面，盡可能采用生態學原理，保持特種的多樣性，減少化學物質的投入。

   ⑵、畜牧業生產操作規程

   畜牧業的生產操作規程系指在畜禽選種、飼養、防治疫病等環節的具體操作規定。其主要內容是：

   ①選擇飼養適應當地生長條件的抗逆性強的優良品種；
   ②主要飼料原料應來源于無公害區域內的草場、農區、綠色食品種植基地和綠色食品加工產品的副產品；
   ③飼料添加劑的使用必須符合《生產綠色食品的飼料添加劑使用準則》，畜禽房舍消毒用藥及畜禽疾病防治用藥必須符合《生產綠色食品的獸藥使用準則》；
   ④采用生態防病及其它無公害技術。

   ⑶、水產養殖業生產操作規程

   水產養殖過程中的綠色食品生產操作規程，其主要內容是：
   ①養殖用水必須達到綠色食品要求的水質標準；
   ②選擇飼養適應當地生長條件的抗逆性強的優良品種；
   ③鮮活餌料和人工配合飼料的原料應來源于無公害生產區域；
   ④人工配合飼料的添加劑使用必須符合《生產綠色食品的飼料添加劑使用準則》；
   ⑤疾病防治用藥必須符合《生產綠色食品的水產養殖用藥使用準則》；
   ⑥采用生態防病及其它無公害技術。

   ⑷、食品加工業綠色食品生產操作規程

   其主要內容是：

   ①加工區環境衛生必須達到綠色食品生產要求；
   ②加工用水必須符合綠色食品加工用水標準；
   ③加工原料主要來源于綠色食品產地；
   ④加工所用設備及產品包裝材料的選用必須具備安全無污染條件；
   ⑤在食品加工過程中，食品添加劑的使用必須符合《生產綠色食品的食品添加劑使用準則》。

   目前中國綠色食品發展中心正委托國內權威機構，按東北、華北、西北、華中、華東、西南、華南七個地理區分別制定，其中華北地區已有19個物種的生產操作規程制定完成。